vagrant コマンドを実行すると以下のエラーが出て失敗しました。
/usr/lib/ruby/vendor_ruby/vagrant/environment.rb:858:in `chmod': Operation not permitted @ chmod_internal - /home/user/.vagrant.d/insecure_private_key (Errno::EPERM)
from /usr/lib/ruby/vendor_ruby/vagrant/environment.rb:858:in `chmod'
from /usr/lib/ruby/vendor_ruby/vagrant/environment.rb:858:in `copy_insecure_private_key'
from /usr/lib/ruby/vendor_ruby/vagrant/environment.rb:152:in `initialize'
from /usr/bin/vagrant:169:in `new'
from /usr/bin/vagrant:169:in `<main>'
environment.rbを見てみると、chmod で 0600 にしようとして失敗しているようです。 /home/user/.vagrant.d/insecure_private_key はvagrantコマンドを実行するユーザのオーナーになっていなかったために失敗していたので、オーナーを変更することでエラーなく実行できるようになりました。